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第676章 努力的回报

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他身边几位高能物理组的研究员也纷纷附和:

“刘院士说得对,我们的希格斯粒子性质研究也受到了影响。”

“是啊,‘神威’的架构本来就更适合我们这种大规模数值计算,生物信息学的很多算法在上面跑,优化起来事倍功半,何必呢?”

“他们这是吃着碗里的,看着锅里的。有了定制大餐,还来抢我们的工作餐,太过分了!”

会议室里的目光都聚焦在科技部协调员和超算中心负责人身上。

负责人面露难色,看向协调员。

协调员是一位沉稳的中年人,他清了清嗓子,开口道:“刘院士,各位专家,请息怒。”

“情况是这样的。首先,国家特批给繁缕研究院使用‘神威’,是在‘方舟’建成之前,为了抢抓科研机遇窗口期,避免因计算瓶颈导致重大科研成果流失的紧急举措。这一点,是经过最高层面权衡的。”

他顿了顿,继续解释:“其次,关于‘方舟’建成后是否还需要‘神威’的问题。根据我们与陆时羡院士团队的沟通和评估,主要有两个考量。”

“第一,‘方舟’是生物专用超算,其架构针对生命科学的多模态、非结构化数据和高通量动态模拟进行了深度定制。”

“但在一些基础的、大规模的通用科学计算任务上,‘神威’经过多年优化,其稳定性和效率在短期内仍然是不可替代的。两者是互补,而非替代关系。”

“第二,也是更关键的一点,‘方舟’一期工程预计需要至少12-14个月才能交付使用。而科学研究,尤其是竞争如此激烈的领域,等不起这整整一年。”

“陆院士团队目前在‘神威’上进行的,正是基于他们最新发现、最可能产生突破的关键验证性计算。如果现在中断,不仅前功尽弃,也可能错失良机。”

刘院士的脸色并没有因此缓和,他追问道:“那总有个时限吧?不能无限期地让他们独占优质资源!我们的项目就不是国家项目了吗?”

协调员点了点头:“这一点请放心。特批是有时限的。我们与繁缕研究院有明确的约定,在‘方舟’一期原型系统交付并稳定运行之后,他们在‘神威’上的独占性高优先级权限将自动解除,转为常规排队。这个时间点,预计在十个月之后。同时,我们也在积极协调,为受影响的各组争取在其他国家级超算中心补偿计算资源,尽力减少大家的损失。”

听到有明确的退出机制和补偿方案,会议室里的不满情绪稍微平息了一些。但刘院士依旧叹了口气,语气复杂:

“我不是不支持交叉学科,也不是不认可陆院士的成就。只是……这种资源倾斜的力度,在我几十年的科研生涯中,实属罕见。希望他们真的能拿出配得上这份投入的成果,否则,难以服众啊。”

消息传到繁缕研究院,陆时羡只是淡淡地对罗伯特教授说:“听到了吗?罗伯特。我们不仅是在和国际同行赛跑,也是在和国家内部的其他重要领域赛跑,在用掉本该属于他们的资源。我们拿出的成果,必须十倍、百倍于我们消耗的这些算力,才能对得起这份压力和期待。”

罗伯特教授闻言,神色也凝重了许多,他望向机房的方向,喃喃道:“我现在感觉,这些计算周期,每一个都重若千钧。”

攻关小组的成员们几乎住在了机房,靠着浓咖啡和一股不服输的劲头,一个又一个地攻克技术难关。

陆时羡虽然没有亲自编写每一行代码,但他始终坐镇指挥。

他对计算机科学的了解的确没有其他学科深入,但拥有的深厚交叉学科背景,能够帮助团队理解生物学问题的本质,确保计算优化的方向始终服务于最终的科学目标,而不是陷入纯粹追求计算性能的误区。

比如他会指着某个模拟结果问:“这个构象的能垒是否合理?”或者看着网络模型的输出说:“这个节点的连接度异常偏高,是需要优化的计算伪影,还是它真的提示了一个我们忽略的生物学关键点?”

辛勤的汗水终于换来了回报。

当经过深度优化的程序开始在“神威”上稳定运行,海量的计算任务以前所未有的速度完成时,惊喜开始不断涌现。

第一个发现是SFR-1的“双面人格”。

在之前基于“鸿蒙”的、时间尺度较短的模拟中,SFR-1被认为主要与激活状态的GpcR相互作用。

但在“神威”上进行的、长达微秒级的高精度分子动力学模拟中,团队惊讶地发现,SFR-1的某个特定结构域,在特定的膜脂环境和小分子配体,可能是细胞内未知的第二信使存在的条件下,会表现出一种奇特的“双面性”。

即它既能与激活态的GpcR结合,也能以一种不同的构象,与某些处于“预备”或“失活”状态的GpcR发生弱相互作用。

“这暗示SFR-1可能不仅仅是一个被动的‘连接器’,它本身可能参与了对GpcR状态的‘感知’和‘选择’,就像一个智能开关,能判断哪些信号值得放大和传递。”罗伯特教授看到这个结果时,激动地指着屏幕上的动态轨迹说道。

第二个发现是“孤儿domain”的潜在功能。

埃琳娜团队提供的更高分辨率的冷冻电镜结构,结合“神威”上运行的、更复杂的柔性拟合和分子动力学模拟,为那个功能未知的“孤儿domain”提供了全新的线索。

模拟显示,这个domain并非刚性结构,而是一个高度动态的、富含带电氨基酸的“触手”。在模拟中,它表现出与多种不同SNARE蛋白组分相互作用的倾向,但其结合强度和特异性,似乎受到SFR-1其他区域构象的变构调控。

当SFR-1与GpcR结合后,这个‘触手’的构象熵明显降低了,变得更加有序,这很可能增强了它与特定SNARE蛋白的结合能力!

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