同时，细分内官监和军器监的职能，军器的研发和生产都归军器监，由严世蕃以工部尚书掌军器监事，而机械的研发和制造则仍旧归属于内官监和文思院，同时朱载坖命令，从军器监、内官监中挑选有研制军器、机械经验和识字的工匠，进入文思院中，负责直接研制朱载坖交办的军器和机械。
令郑王世子朱载堉以宗正领文思院使，负责研制和科技事务，同时命令成立机械学堂，以郑王世子朱载堉为祭酒，专门负责培养精通机械研制的人才，同时下诏，能够向朝廷进献新式军器、机械和有其他科技成果的，朝廷不吝官爵之赏，由郑王世子朱载堉负责接收，军器则由大将们统一考察之后得出结论。
不过大臣们都不看好机械学堂的招生，毕竟哪怕是学算学，也可以通过吏员的考选成为官员，而学机械能够干什么？不能当官对于百姓的吸引力就小了不少，朱载坖表示，为什么不能当官，机械学院学成毕业的，可以当官，而且是可以到军器监、文思院、内官监下属的工场当官，而且毕业就当官，考入就给九品俸禄，朱载坖就是要刺激大明的百姓去学机械。
朱载坖很清楚，子曰诗云是干不过坚船利炮的，现在大明就是要争取先发，以大明现在的体量和国力，哪怕只有一点点的改变，对于大明来说都是极为有利的。
除了建立机械学院以外，朱载坖还下诏要求百官推荐精通机械、军器人才，朱载坖量才给官。
除此之外，朱载坖还将原来分散在各个各个工场之中负责制造机械、机床的工匠集中到一起，成立大明机器制造总局，专门负责各种机械、机床的制造。受内官监和文思院的管理，负责为大明研制和生产各种机械、机床。
朱载坖同时命令在天津、河间、遵化、唐山等地，为这些工匠兴建房屋，分配给工匠居住，所需要的钱财从内承运库出。
除了应对北虏和军器生产上的大调整之外，对于军务，朱载坖下一步的要点主要是在水师上，天津等地的造船厂要为官军水师制造大吨位的战舰，主要是加强北洋和南洋两支水师，南洋水师负责防备佛郎机，保障大明东南海疆，而北洋水师主要负责拱卫京师，为日后的征倭做准备。
俞咨皋已经率领南洋水师出海历练了，北洋水师也要动起来，朱载坖命令北洋水师提督陈璘，统帅水师，出海剿除倭寇，熟悉航路，主要就是熟悉从天津往辽东经朝鲜到倭国的航线，同时巡行对马海霞，震慑倭国。
朱载坖倒也不是无的放矢，织田信长现在是志得意满，有些不知道天高地厚了，由于朱载坖已经和尼德兰结盟了，所以红夷断绝了和倭国的贸易，而佛郎机对于倭国的市场并不关注，现在王直已经垄断了大明和倭国的贸易，向倭国大量倾销大明的布匹和丝绸，同时将倭国的大量生丝运回国内，在苏松等地纺织成丝绸用于销售。
这样一样，倭国就失去西洋的火器支持，这点让织田信长极为愤怒，因为他就是在倭国大量使用火器军阀，现在倭国自己生产火器的能力是很差的，需要从尼德兰获取获取，但是显然，尼德兰不会为了倭国去得罪大明的，尽管织田信长派人找到尼德兰商人，但是大部分尼德兰商人都不愿再和倭国进行贸易，即便有少数的商人愿意冒风险向倭国倒卖火器，价格也是天价。
织田信长当然知道这其中的原因是什么，他派人威胁王直，要求王直为他倒卖军器，被王直一口拒绝，开什么玩笑，老王现在等的就是大明征倭之后好在老朱家混个长期饭票，银子他早就不缺了，王直很清楚朱载坖的意图，现在是要处理北虏，还有等待水师继续力量，一旦大明空出手来，不收拾倭国才是怪事。
被王直拒绝的织田信长当然是极为愤怒，他威胁王直要中断倭国和大明的贸易，织田信长很清楚，大明需要倭国的白银和铜料，王直立马将这一消息急报朱载坖，请求圣裁。
朱载坖得知消息之后，当然是极为愤怒了，朕还没收拾你呢？你织田信长还敢威胁朕？你老老实实吃鱼去不好吗？朱载坖认为应当给倭国一点颜色看了，所以朱载坖命令北洋水师北上，在对马海峡巡航之后，与王直的船队汇合，在倭国近海展示武力，给倭国提提醒。
让倭国明白明白，王直的身后，站的是谁。同时朱载坖还命令王直，倭国这么大，愿意和大明做生意的军阀多了去了，你织田信长真以为自己是倭国国王了吗？朱载坖命令王直断绝和织田信长的贸易，与其他倭国大名交易就行了，主意是石见银山和佐渡岛的银矿，能够被大明掌握就行了。
至于铜，现在朱载坖已经不太担心了，随着大明控制了缅甸，修通了伊洛瓦底江水路之后，不管是云南的铜还是缅甸当地的铜，都可以通过水路转运到仰光，然后从仰光经海运向大明转运。
对于朱载坖来说，倭国现在重要的是白银和生丝，白银是关系到朱载坖废两改元的大政方针的，而从倭国收购的大量生丝是大明发展纺织业所必须的重要原料，好在这两样都不是织田信长能够直接控制的，所以朱载坖并不担心他的威胁，至于王直的人身安全，这位都是老江湖了，这种事情不用朱载坖操心。
随后朱载坖以练兵军务处的名义下达命令，九边官军必须合适军储、战马实有数字，有不足的，立即上报予以拨给，同时加强训练，京营也是如此，京营、亲军诸卫、班操京军也要加强训练，朱载坖分遣将帅，视察训练和装备情况。
同时下旨给尼堪外兰等女真酋长，从女真部落中招募勇士，补充入三千营。
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