对于这些运司，朱载坖认为也要加以改革，首先就是运司辖区的调整，两淮、长芦、河东、两浙作为现在大明主要的食盐产区，自然是要设立都盐运使做为管理盐政的衙门，而四川相对特殊，首先四川的井盐供应西南，地位极为重要，而且除了盐之外，还有茶叶，也是朝廷禁榷的物资，要用于和乌斯藏都司和朵干都司交易马匹，以资军用的，还有就是云南的盐井，也一道纳入四川盐茶都转运使的管理范围。
而产量相对较少的广东、福建、山东三个产区，则设立盐运使，灵州盐池则划归河东都盐运使代管，将所有的盐场都设立专门的机构，同时厘清盐运和盐政的职权关系。
在朝廷的官僚体系当中，总理盐政衙门作为朝廷在中枢的盐政机关，也是大明盐政的最高管理机关，以户部左侍郎兼任，负责领导全国各都盐运使、盐运使、盐法道等与盐政有关的事项，而各都盐运使、盐运使等作为地方盐务机关，主要是负责盐引的发放，盐课的征缴与转运，还有从灶户手中征收手中征收的正额盐课和余盐的转运。
之前大明的食盐销售实行的事商运商销，也就是就场征税，核心是民制、官收、官卖、商运、商销，但是后来由于朝廷无力控制食盐的生产，实际上所谓的官收、官卖成为需要，所以朱载坖认为，这次盐政改革的主要目的就是加强朝廷对于食盐生产的控制，重新掌握盐场和灶户，由朝廷掌握食盐的生产环节。
运司衙门不再直接管理灶户，由总理盐政衙门派出盐政分司衙门，与都盐运使和盐运使衙门的辖区一致，盐政分司专司管理灶户，由盐政分司衙门负责管理盐场和灶户，直接控制食盐的生产，盐场所属荡地等都收归朝廷所有，不得侵占，灶户办盐所需要的各种工具、燃料等也由朝廷所保障，灶户办盐所需工本也要列入预算，根据各盐场实际所有的灶户，编列工本预算，制定食盐的产量计划，盐政分司衙门直接负责食盐的生产与征解，商人不得插手。
商人只和运司打交道，也不和盐政分司打交道，盐政分司主要是负责恤灶，收购食盐，考成盐课的，盐政衙门将所属盐场所生产的食盐征购之后，统计数量，行文运司衙门，各运司衙门根据盐政衙门所征购来的食盐数量发放相应的盐引，不准滥发盐引，有一引之盐，才发一引，严禁滥发，保障盐引的信用。
同时实施收支两条线，在整个盐政系统中，运司衙门是盐税的征收部门，通过发放盐引，征收盐税，然后上缴太仓，而盐政衙门是支出部门，负责向灶户发放工本，组织灶户生产食盐，征收正额盐课和余盐，保障食盐生产所需要的各种工具、燃料等，盐政衙门的支出也是由太仓负责的，他们的收支互不干涉，各自独立，而总理盐政衙门负责账目的审核和盐税的统计，都察院负责对于整个盐政系统账目的审计。
这样的话，朝廷可以再度控制食盐的生产环节，同时尽可能的杜绝私盐，保证朝廷的盐税。除此之外，朱载坖认为，还要依靠朝廷的邮驿体系，掌握部分的食盐运输环节，对于整个大明的食盐销售体系，朱载坖认为要实现两种模式并行，第一是传统的商运商销，也就是盐商在运司购买盐引之后，自行提取食盐，组织运输、销售等事。
另外一种模式就是官运商销，也就是朝廷利用邮驿等运输体系，将食盐从盐场运输到大明的各大城市，由官府卖给当地的商人，然后予以分销，之所以要保留官运商销的模式，主要是基于两个原因的考虑，第一就是朱载坖认为不能任由盐商掌握食盐的运输，朝廷必须要直接掌握一部分食盐的运输，用以在特殊情况下平抑盐价，保证百姓的食盐，防止盐价过高，安定地方。
第二就是以这些官运商销的食盐，获取更大的利润，充实朝廷的财政，使得朝廷的邮驿系统保持一定的常备货运量，不至于一直亏空，徒耗钱粮。
按照朱载坖的这个规划，整个大明的盐政，以总理盐政衙门为管理机关，负责对各盐法道、都盐运使司、盐运使司、盐政分司进行管理，盐法道主要负责查禁私盐，保障朝廷的盐法顺畅，负责官运商销食盐的引岸销售，盐运司负责发放盐引、征收盐税、组织官运商销食盐的运输，而盐政分司则负责灶户的管理，食盐生产的组织，恤灶的实施，正额盐课和余盐的征购，食盐生产的荡地、工具、燃料等的保障。
而巡按盐政御史则回复自己监察官员的职责，负责巡行各盐场和运司，查看朝廷恤灶措施的实行情况，工本和余盐银的发放情况，还是食盐征购与盐引销售的情况，打击贪墨，审查账目，保障工本和余盐银能够发放到灶户手中，保证盐引不滥发，引目和食盐征购数量相符。
对于朱载坖的想法，庞尚鹏提出了一些意见，如果按照朱载坖的想法来实施的话，朝廷就必须重新制定盐引的价格，因为之前的引价其实就是盐税本身，朝廷没有任何成本，反正朝廷已经不控制食盐的生产了，但是现在不同了，引价不仅仅包含盐税，还包括朝廷支给灶户的工本和余盐银，还有荡地的地租，各种工具、燃料的消耗，这些都是朝廷的成本，必须重新进行核算，然后确定引价，才能够实行。
这点朱载坖也是同意的，而且考虑到朝廷的实际情况，首先在长芦和两淮实施盐政改革，在长芦实施改革是因为朝廷对于长芦盐场控制是最严密的，食盐生产扔就在朝廷手中，改革只需要各衙门职权的重新划分即可，相对简单，而两淮就自不待言的，毕竟是大明盐税最多，盐区最大的运司，两淮能够改革成功的话，对于其他地方来说就很方便了。
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