故事主角叫黄龙木。有一天，黄龙木来到一座破庙前。他伸手推开那破庙的木门，哎哟，掌心一下子就被门环上的锈刺扎破了，血珠子“滴答”就掉了下来。这血滴到了院子里的那株枯树上，嘿，你猜怎么着？那原本虬结的枝干，眨眼间就冒出了翡翠一样的新芽。更吓人的是，枝头垂落着一颗颗赤红的果实，半透明的果皮下，隐隐约约能看见人类指骨的轮廓，就跟蜷缩在里面似的。
这时候，一个白眉老僧从阴影里走了出来，他腕间的佛珠上串着九颗跟枝头一样的果实。老僧说：“此乃血菩提。食之可治百病，代价是替人还债。”黄龙木听了，下意识地攥紧了怀里的药包，想起病榻上咳血的母亲。他一咬牙，就把那果实吞了下去。刚一吞下，后背猛然一阵灼痛，皮肤浮出树根状的血纹，耳朵边还响起了万千怨魂的嘶吼：“第九世了……终于找到替身……”
母亲痊愈的那天夜里，黄龙木在镜子里一看，自己居然变成了个穿百衲衣的僧人。这僧人正把信徒往沸腾的药炉里推呢，那炉壁上刻着《业债录》，跟老僧手里那本一模一样！黄龙木发疯似的冲回破庙，却看见老僧已经成了干尸。尸身心口插着截菩提枝，枝头果实里嵌着半块头盖骨。黄龙木扯断尸身的佛珠，九颗血菩提滚落在地，果肉裂开，露出了森白的骸骨，拼出了一幅残缺的地图。干尸突然睁眼，说：“你吃的……是渡尘法师的佛骨啊……”
黄龙木后背的血纹日夜灼烧，每道纹路在延伸的时候还显露出了字迹。上面写着第一世，假称圣药，引信徒溺毙求雨；第四世，哄骗饥民食土，胀死三千人；第七世，散播疫鼠，称是降魔功德。等血纹蔓到心口的时候，渡尘法师的怨灵在铜钵里显形了，说：“看看你救的母亲！”铜钵里映出母亲的腹腔，她愈合的肺叶上，正长出跟血菩提一样的果实！
黄龙木顺着佛珠骨片的地图，找到了黑水潭。潭底沉着百具腰捆经幡的骸骨，正是《业债录》里记载的求雨信徒。他一碰到水面，前世的记忆“轰”地一下就灌进脑袋里了。原来渡尘法师把信徒踹下悬崖，说龙王要活祭。现实里的潭水突然暴涨，无数青白手臂拽着他往下沉。挣扎的时候，他摸到崖壁上刻着“以命抵命”。潭底的骸骨突然集体昂头，百道水柱像锁链一样缠住他，那窒息感差点把他魂魄都刻进去。
荒年祠堂里，供桌上堆着观音土捏的馒头。黄龙木掰开馒头，里面裹着干瘪的胃囊，就是渡尘哄骗饥民吃下的致命黏土。怨气从胃囊里蒸腾出来，凝成了个腹部鼓胀的鬼童，说：“法师说吃土能成佛……”鬼童猛地撕开肚皮，泥浆喷溅的地方，地面裂开了巨缝。黄龙木掉进坟窟的时候，看见自己前世笑着在名册上勾画，说“又超度四十七人”。坟土一下子像活埋一样压实，他肺叶里都挤出了土腥味。
乱葬岗的鼠洞涌出黑雾，雾里还飘着渡尘法师的诵经声：“瘟魔散尽，功德无量……”黄龙木踢开残碑，碑下压着疫鼠干尸堆成的塔，塔顶供着半颗还在跳动的心脏。渡尘怨灵从鼠塔钻出来说：“这是你第七世的心。每颗血菩提都结在这心上。”鼠尸突然复活，咬住黄龙木的脚踝。溃烂的伤口里钻出蛆虫，虫体居然组成了《业债录》缺失的第八页：“弑师夺寺，以师血浇灌初代菩提”。
黄龙木剜出母亲肺叶上的果实，按进自己胸膛。血肉交融的时候，他看见了渡尘法师的终极秘密。初代菩提竟然是渡尘的师父！老僧为了镇压徒弟的恶行，自愿被炼成树妖。渡尘弑师后，把师父的骸骨碾碎混入树种，让每颗果实都藏着师父的骨屑。信徒吃下果实，业债就通过骨屑转嫁。渡尘在血雾里尖啸：“你母亲吃的……是我师父的指骨……现在轮到你了！”
乱葬岗升起了九座墓碑，分别刻着前八世受害者的死法。黄龙木把血菩提按进碑上的凹槽。溺亡碑嵌上果，潭底浮起超度经幡；饥荒碑嵌上果，鬼童吐出带血黏土；瘟疫碑嵌上果，鼠塔心脏停止跳动。当第八颗果实嵌入弑师碑的时候，渡尘法师的残魂从碑里剥离出来，说：“还差……最后一颗……”黄龙木猛然撕开后背，血纹汇聚的地方，第九颗血菩提正从他脊柱上长出来！
黄龙木抠出脊骨上的菩提，按向第九碑。碑面显出血字：“第九业：诱骗九世转生者食己骨”。渡尘的狂笑一下子就停了。原来黄龙木吞食的果实里，藏着他第一世为求雨溺死的亲弟弟的骸骨！九碑轰然炸裂，菩提树根从地底爆出来，缠住渡尘的魂魄，渡尘喊着：“师父……您算计我九世……”树根刺入渡尘灵体疯狂吸食，枯树瞬间花开如血。每朵花蕊里，都坐着个被超度的怨灵。
血菩提树在晨曦中枯萎了，最后九朵花掉进黄龙木掌心，化作青灰飘散。母亲站在庙门外，鬓角新生的黑发间别着朵小白花。母亲说：“法师留了东西给你。”她指向树坑。坑底埋着铜钵和《业债录》，书页最终页浮现出新字：“业债非赎，唯自渡可解”。当黄龙木捧起铜钵，枯树桩抽出了碧绿新芽，这次没有骸骨，只有露珠在叶脉间流转，就跟梵文似的。远处山道上，有个咳血的男人正朝着破庙走来，腰间还别着刚摘下的血菩提……这故事啊，也就到这儿结束了。
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