特别调查部队与联盟顶尖科研团队日夜钻研，试图找出清除残留黑暗能量的办法。他们在实验室内模拟残留黑暗能量的生存环境，不断尝试各种能量中和手段与物质反应。
经过无数次失败后，科研人员终于有了突破性发现。一种名为“星耀晶矿”的稀有矿石，经过特殊的能量激发后，能与黑暗能量产生强烈的中和反应。星耀晶矿在宇宙中极为罕见，仅在少数几个偏远星系的特定星球上有少量分布。
联盟立刻组织搜寻队，前往可能存在星耀晶矿的星系。特别调查部队则负责对采集回来的星耀晶矿进行加工处理，使其能够更有效地中和黑暗能量。然而，加工过程极为复杂，需要极高的能量支持，而目前联盟的能源储备，若用于此，将严重影响其他重要的宇宙建设与防御项目。
“如果我们将能源集中用于加工星耀晶矿，宇宙其他区域的防御可能会出现漏洞，一旦有新的危机出现，后果不堪设想。但如果不尽快清除残留黑暗能量，它随时可能再次失控。”联盟高层在紧急会议上陷入了两难的抉择。
特别调查部队深知问题的严重性，他们提出了一个折中的方案。先调用部分能源，对已采集到的少量星耀晶矿进行初步加工，用于清除一些黑暗能量聚集较为严重的区域，同时加快能源的开采与储备，为大规模加工星耀晶矿做准备。
联盟经过慎重考虑，最终采纳了这一方案。特别调查部队迅速投入到加工与清除工作中，但他们明白，这只是暂时缓解危机的办法。在能源紧张与时间紧迫的双重压力下，他们能否在残留黑暗能量再次引发灾难前，找到更完善的解决方案，彻底保障宇宙的安全？
特别调查部队按照计划，紧锣密鼓地对初步加工的星耀晶矿展开部署，针对黑暗能量聚集严重的区域展开清除行动。搭载着特殊装置的飞船驶向目标区域，星耀晶矿被释放后，如同一颗颗闪耀的星辰，与黑暗能量激烈碰撞，爆发出耀眼的光芒。
在一些区域，黑暗能量在星耀晶矿的中和下逐渐消散，宇宙空间的能量场开始恢复稳定。然而，推进过程并非一帆风顺。部分区域的黑暗能量比预计的更加顽固，星耀晶矿的中和效果大打折扣。而且，随着清除行动的深入，黑暗能量似乎产生了某种“应激反应”，它们开始主动聚集，形成更大、更坚固的能量团，抵御星耀晶矿的中和作用。
与此同时，能源开采工作遇到了意外变故。在一个主要的能源采集星系，突然出现了一种未知的能量干扰，导致采集设备无法正常运行。经过调查发现，这种干扰能量与残留的黑暗能量有着千丝万缕的联系，似乎是黑暗能量为了阻止自身被清除，而做出的反击。
“看来黑暗能量比我们想象的更具‘智慧’，它在想尽办法阻止我们的清除行动。”队长皱着眉头说道。联盟面临着能源短缺和黑暗能量抵抗加剧的双重困境，特别调查部队的清除计划陷入停滞。
如果不能尽快解决能源问题，不仅无法大规模加工星耀晶矿，现有的清除行动也可能因为能量不足而被迫中断。而黑暗能量不断聚集，随时可能引发新的危机。特别调查部队能否克服重重困难，找到解决能源问题的办法，继续推进清除残留黑暗能量的行动，守护宇宙的和平？
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