吴元年（4064年）夏季四月初一，上海百姓钱鹤皋发动叛乱，占据松江府。
大将军徐达派骁骑卫指挥葛俊等人率兵征讨平定了叛乱。
当初，徐达攻打苏州，派遣元帅杨福、参谋费敬直接告知松江府守臣王立中，让他献城投降。徐达命令王立中暂时代理府中的事务。不久之后，皇帝命令荀玉珍代替他。不久，徐达下令让各府调查百姓的田地，征收砖块修筑城墙。
钱鹤皋不遵从命令，想要发起叛乱，于是对众人呼喊道：“我们的力量无法完成（任务），城墙（若）不修筑好，就免不了一死，不如寻找求生之路来获取富贵。”众人都听从了他的建议，于是与张士诚的原元帅府副使韩复春、施仁济联合起来，聚集了三万多人，攻打府衙，打开仓库，抢夺财物。通判赵儆仓促之间不能抵挡，驱赶着妻子儿女共十八人跳水而死。荀玉珍弃城逃走，盗贼追杀他。
钱鹤皋自称为行省左丞，在旗帜上写“元”字，刻砖头当作印玺，非法任命所属官员，任命姚大章为统兵元帅，张思廉为参谋，施仁济、谷子盛为枢密院判，命令他的儿子遵义率领数千艘小船前往苏州，想要归附张士诚，以此请求援助。
到了这个时候，徐达派遣葛俊前去讨伐他。军队到达连湖荡，远远望见遵义所率领的众人都手持农具，知道他们不会有什么作为，于是在连湖荡东西两侧接连发射了十多炮，盗贼们都惊慌溃散，被淹死的人不计其数。
军队到达松江城，钱鹤皋紧闭城门抵抗坚守，葛俊将其攻下，俘获了钱鹤皋，用囚车将他押送到大将军处斩杀。施仁济等人率领剩余的党羽逃走了。
葛俊恼怒华亭人参与叛乱，想要屠城。华亭县的知县冯荣，当初没有屈服于钱鹤皋，被贼人绑起来关在监狱里，到这时才被放出来，他就向葛俊争辩说：“谋反的人只是钱鹤皋罢了，其余的都是良民，纵然有跟从他的人，都是被胁迫的，将军如果一定要用兵，我冯荣请求先被处死。有城镇却没有百姓，凭借什么来治理呢？”葛俊听从了他的建议，华亭因此得以安定。
上海知县祝挺，在钱鹤皋突然造反时，怀揣着官印逃出县衙，准备前往府衙。听说知府被杀害，他隐藏在县城南边的僧舍里。敌人抓住了他，想威胁他到钱鹤皋那里去。祝挺大骂说：“你们是我管辖的百姓，我是你们的县令，怎能因为贼寇的威势而使我屈服？你没有听说过他单枪匹马进入敌军营帐，使敌军主帅祝奉屈服并为我方所用的事情吗？我不害怕死亡。”敌寇不敢逼近。祝挺于是秘密派人告诉各个大族、乡里中的长者说：“叛逆还是归顺、灾祸还是福运，都只能由人自己选择，你们应该尽快思考这件事，不要做不道义的事，以致招来灭亡。”听说这件事后，人们都归附他。那里的百姓顾正福等人藏匿了兵器，将大船开到黄浦，与主簿李从吉等人会合，竖起起义的旗帜，召集民兵，百姓都跟随他们，他们咬破手指歃血盟誓表示归顺，于是率领众人收复县城，在街市上斩杀了伪元帅姚大章以及金万户等人，其余党羽都被释放不再追究。将两个人头和缴获的兵器一起献给了葛俊，说：“事情已经平定了，不用劳烦大军了。”总共往返了三次，葛俊的怒气还是没有消除。
当时钱鹤皋已经被擒拿，他怨恨自己的同乡中不依附自己的人，就诬陷他们是同党，有数十上百人。葛俊搜捕得非常紧急，于是祝挺陷入了困境。祝挺于是暗中派官吏向徐达禀报上海县的情况，徐达把这一情况上报（给朝廷），因此那些被诬陷的人和上海的百姓都得以释放。
施仁济等人逃跑后，率领五千多名党羽，突然闯入嘉兴府，抢劫府库中的军事物资后逃走。海宁卫指挥孙虎会同守御指挥张山、知府吕用明率领军队追击，将他们全部擒获。
丁未日，皇上因为战争还没有停止，百姓还没有得到休养生息，看着身边的侍臣感叹说：“军队的战事不停，供应（军队的物资）不断，百姓实在是太劳苦了。”起居注官王祎回答说：“皇上的威望和德行显着，远近的人都伸长脖子等待盼望（皇上的军队到来犹如大旱望云霓）得以复苏，百姓虽然劳苦却没有怨言，正应当趁着这一形势长驱直入，肃清中原地区，才能休息。”皇上说：“成就大事的人，一定要有长远的谋略，不能急于求成。泰山之所以高，不是靠一筐筐的土堆积起来的；江河之所以广阔，是因为一勺勺的水汇聚起来的，天下这么大，怎么可能在一天内平定呢？自古以来帝王的兴起，都是上观天象运势，下顺百姓心意，从容地等待成功，何曾急切过？我用兵征讨，有十多年了，在江东开创基业，命令将领四处征战。如今虽然在西边平定了陈友谅，可是扩廓帖木儿在河南驻军，王信父子偷偷占据沂州，谭右丞、貊高这类人分别在各州郡苟延残喘。如果马上想要长驱直入，只是张士诚还没有被攻下，东吴还没有被平定，冷静地观察元朝的大臣，犹豫不决的占十之八九，假借恢复(元朝统治)为名的，只有扩廓帖木儿罢了。他又被诸位将领所阻碍，势必不能施展才能，很久不进兵，必然会产生猜疑和嫌隙。何况他的部下都是从各地聚集来的百姓，军队长期在外作战，人心向背不定，稍有不利的情况，众人必定会像瓦片破碎、像土崩裂一样（四散奔逃），将领不过是一个独夫罢了，可他们还扣押我方的信使，侵扰我国边境，哪里是能认清形势的人呢！中原的那几个人，我没有空闲和他们计较，暂且把他们放在考虑之外（不把他们放在心上）。只是我所挂念的，是那里的百姓，还被战争所困扰，不能休养生息。”
庚戌这一天，皇上来到白虎殿，看到众皇子中有读《孟子》这本书的，回头问许存仁说：“《孟子》中哪种说法最为重要？”回答说：“劝国君推行王道，施行仁政，减少刑罚，减轻赋税，这就是关键所在啊。”皇上说：“孟子专门谈论仁义，如果当时有一位贤明的君主，能够采用他的言论，天下难道不会统一吗？”
钱塘卫指挥同知袁洪率兵攻打崇德州，擒获伪将朱千户，于是就占领了崇德州。
辛亥日，是仁祖的忌日。皇上到太庙祭祀完毕，回到便殿，痛哭不止。起居注詹同陪侍在皇帝身边，再三劝慰。皇上说：“过去我的父亲在这个月的六日去世，兄长在九日去世，母亲在二十二日去世，一个月之内，三位亲人相继离世，人遭遇这样的事情，怎么能够忍受呢？终身的悲痛，想念之情没有尽头。”皇帝哭得十分悲伤，左右的人都不忍心抬头看他。
朝廷派遣使者给河南的扩廓帖木儿、陈州的谭右丞、貊高、脱因帖木儿等人赏赐了不同数量的纱罗、葛布。
壬子日，皇上告诉起居注官詹同等说：“国史重在如实记载，是与非、善与恶，都应当记录下来。从前唐太宗观看史书，虽然在大的方面有失误，然而命令如实书写李建成（太子建成）的事情，这是想要以公正的态度对待天下人啊。我平日言行中值得记录的事，不管是对是错，是善是恶，你们都应该真实、清楚地记录下来，不要隐瞒避讳，让后世之人看到，不失真实。”
乙卯日，中书省平章政事俞通海去世。俞通海，字碧泉，庐州巢县人。他的祖先居住在濠州的钟离县。他的父亲俞廷玉，把家搬到了巢县。元朝末年，汝颖地区盗贼蜂起，有个叫金花小姐的人，也用妖术迷惑众人，在江淮地区聚集兵力，很多人响应她。俞通海父子也在乡间起兵，跟随他的门徒李普胜。等到金花小姐战败，俞通海把船停靠在巢湖，与左君弼有仇，多次被他围困，于是抄小路前来投降。
当时皇上在和阳，想要渡过长江，却没有船只，俞通海到了，皇上非常高兴，立即前往巢湖征调他的船只，于是渡过长江，攻克采石矶，平定太平府，俞通海作战出力居多，被提拔为管军总管。当时蛮子海牙把战舰排列在采石矶，陈野先联合淮地的军队二十万人屯驻在方山，二者相互构成掎角之势。丙申年二月，皇上率领水军攻打采石矶，俞通海和廖永安首先出战，打败了敌军，缴获了敌军众多的将士和战船。三月，郭天叙、张天佑率军攻破陈野先，于是攻占集庆路，攻克镇江，因功升为秦淮翼元帅。四月，和各位将领攻取了丹阳、金坛。丁酉年三月，攻取常州，被任命为行枢密院判官。四月，他跟随武帝攻取宣城，又与赵彧乘胜进攻水阳，攻克了这座城池。五月，朱元璋攻占了太湖，击败了张士诚的军队。俞通海军威大振，招降了张士诚在马迹山的守将王贵、钮津等人，又经过东洞庭山，将船停靠在施口。张士诚的左丞相吕珍率领水军突然到来，当时大军已经向西进军，俞通海独自率领剩下的船只和他们交战，一支箭射中了他的右眼下方，疼痛难忍，他命令手下穿上自己的铠甲站在船上，敌人以为是俞通海，于是不敢逼近。俞通海从此瞎了一只眼睛。
戊戌年正月，俞通海与廖永安攻克了江阴石牌的强盗，招降了他们的元帅栾瑞，然后夺取了马驮沙栅后返回。己亥年四月，在枞阳击败了陈友谅的将领赵普胜，俘获了他的军校赵牛儿等人以及他们的战舰，乘胜追杀敌军，于是收复了池州。这时，皇上亲自率军征讨江东，正为枞阳的事情担忧，等到捷报传来，大喜，升俞通海为佥枢密院事。庚子年闰五月，陈友谅侵犯龙湾，俞通海、张德胜与他交战，打败了他，俘获了他的将领喻国兴、李志高等人以及楼船。第二天，又在慈湖追击敌军并将他们打败，放火焚烧了他们的战船，论功行赏排在第二位。辛丑年春天，晋升为同知枢密院事。跟随皇上亲自出征陈友谅。八月，攻下了同安，接着攻克了九江，陈友谅逃走了。癸卯年秋七月，皇上再次在龙兴征讨陈友谅，在鄱阳湖的康郎山交战。当时湖水深浅不一，水军作战时，来来往往很不顺利，俞通海向（朱元璋）进言，建议驶出湖去，占据有利的地形来逼迫（敌军），于是（朱元璋）率领水军驶出（湖口）占据了左蠡。陈友谅战败而死，俞通海的功劳很大。甲辰年正月，朝廷改设中书省，进封俞通海为平章政事，攻打通州、庐州，都立下了功劳。秋季七月，在庐州设立江淮行省，命令俞通海代理行省事务。当时江、淮地区遭受战争，人心还没有安定，俞通海安抚慰问，一概用恩惠（对待百姓），因此重新恢复本业的人很多，修筑城墙，疏浚护城河，来做防御的准备。乙巳日，跟随相国徐达平定了安丰。丙午年九月，又跟随军队攻克湖州。十一月，平定了太仓，秋毫无犯，百姓都很喜欢他。伪元帅陈仁寿乘坐一百多艘船逃入海中，听说了俞通海的威名，都回来了，在他的麾下拜倒在地，愿意做编户平民的有几千人。大军包围了平江，徐达发文书给俞通海让他带着军队前来会合。俞通海率军抵达桃花坞，被流矢射中，伤势严重，返回京城。皇上亲临他家，问他：“平章知道我来探望你的病情吗？”俞通海已经不能说话了，皇帝流着泪走了出去。等到他去世，皇帝亲临哭吊十分哀伤，随从的官员和卫士没有不感动流泪的。不久被追赠为光禄大夫，又被追封为豫国公。
皇帝对各位将领的恩惠礼遇非常优厚，他们生病时，皇帝一定会派使者前去慰问，有时还会亲自前去探望。他们去世的时候，皇帝就率领百官为他致哀，亲自前往吊唁祭奠，至于吊唁慰问、赠送财物助丧的礼仪，以及丧葬祭祀的用品，都由官府供给。
己未年（4064年）方国珍已经向朝廷进贡，却又暗中渡海，在北方与扩廓帖木儿勾结，在南方与陈友定交好。
朝廷的军队讨伐姑苏（张士诚）时，方国珍拥兵自重，袖手旁观，屡次借纳贡之名，窥探双方的胜败，来决定是反叛还是归服朝廷。
朱元璋因为方国珍反复无常，写信列举他的十二条罪状说：“在你开始起事的时候，元朝还处于太平时期，天下谁敢作乱？只有你在海边起兵。元朝的官员都是世袭子弟，他们顾念爱惜妻子儿女，他们的军队长久以来不知道作战，所以临阵就胆怯，你才能够在海边嚣张跋扈。等到天下大乱的时候，你就占据了三州的土地，扼守海上交通要道的要冲，私自占据海岛二十多年，早上向西（政权）表示归顺，傍晚又向北（政权）表示归顺，这难道是大丈夫的所作所为吗？这是你的第一条罪状。 我攻克婺州的时候，四方的强敌很多，哪有时间对海岛用兵，与你一较高下？你自己心怀恐惧，派儿子来投降。我用真诚的心对待别人，不预先怀疑你欺诈，就送还你的儿子，你却诡计多端，没几年间，多次挑起战事，这是你的第二条罪状。近来浙东的会稽、浙西的钱塘等郡都已被攻下，你暗中怀有二心，时常派人窥探我的虚实，这是你的第三条罪状。 还没有发生什么事情，就先产生了猜忌之心，自己怀有不安的想法。这是你的第四条罪状。容易与他人交往而又轻视侮辱别人，这是你的第五条罪状。扩廓帖木儿怀有曹操那样的奸诈，率领着一群乌合之众，东奔西跑，四处侵扰，倾尽全力，耗费粮草，被李思齐、张思道赶出了潼关，三秦地区已经失守。徐州、宿州、邳郡是我们的藩篱，黄河是我们的门户，我们的水军往来，就像进入没有人的地方一样。你不能预料中原的局势，反而渡海（和他国）交好，宣称要攻打我（国），虚张声势，从而招致怨恨，这是你的第六条罪状。如果他们仓促之间发生了战事，而你们在海边，怎么能去支援呢，失败的原因就在这里。如果他们没有什么事，却与他们交往疏远，礼节淡薄，那么豪杰的怨恨，祸乱的发生，就从这里开始了，这是你的第七条罪状。你们兄弟对元朝没有功劳，对百姓没有恩德，窃据海边之地，用权势要挟君主，用私人财物贿赂下属，平白求取名位爵禄，极其专横暴戾。现在归附于我，却又不能好好地保住富贵，还想要驱使百姓去赴汤蹈火（面临战争危险），这是你的第八条罪状。你们的军队多次出动，掠夺我们沿海的百姓。上天爱惜生灵，百姓盼望太平，而你却违背上天、残害百姓，这是你的第九项罪状。你如果有远大的志向，就把温州、台州、庆元的百姓全部驱使起来，和我一决胜负，这才是果敢坚毅的大丈夫的志向。如今你不能这样做，只是派了几艘船，像鼠窃狗偷般卑劣，小打小闹却引发了大的怨恨，这是你的第十条罪状。我派军队进入浙江，攻克了湖州的军队。旧馆的张氏将士，都投降归附了，于是我军攻打姑苏，与张士诚军队在深沟两边对峙，百姓像往常一样安居乐业。你们引诱我朝沿海的土豪作乱，现在已经被平定，你们却隐匿了首恶，这难道是好的计策吗？这是你的第十一条罪状。福建的陈友定奸谋深重，作恶多端，导致其部将阮德柔等人自相攻杀吞并，这样的人可以和他结交吗？于是你们暗中勾结，互相声援，用欺诈的手段来交往，又怎么能长久呢？如果我真诚地对待你，你反而怀疑我，用欺骗来迷惑我，那么当初信誓旦旦的承诺又在哪里呢？这是你的第十二条罪状。我替你们考虑，在还没有与敌国交战之前，你们不必送礼投降，只要有豪杰之士，就以平等的礼节与他们交好，坚守本分、保护百姓，在海隅地区安享太平，等到有事情发生的时候再处理，看到时机就行动，不轻易屈膝，也不挑起争端，这就是你们的福气，也是百姓的福气。现在敌人还没有来，我们自己就产生了疑惑，发动叛乱危害自身，不是好的计策。我知道这不是你的本意，或许是被身边的人误导了。如果身边有才智出众的人，能够为你谋划，选择交往的敌国，只和一个国家结交，保全国家的机会就会多很多了。你要深切地洞察成败，高瞻远瞩，深谋远虑，自己去求取更多的福祉，这样还可以有所图谋。”
方国珍收到书信后不作答复。
壬戌日，设置太仓卫，任命千户朱禹担任指挥副使，蒲仲亨担任指挥佥事。
丁卯日，是仁祖皇后的忌日。朱元璋到庙中祭祀结束后，回到便殿，对侍臣朱升说：“从前我母亲去世时，我才十七岁，侍奉母亲的病，昼夜不离身边。我的二哥经营家事，母亲派我去叫他一同前来，叮嘱说：‘我如今患病，料想不能痊愈了，你们兄弟要好好地互相帮扶，来创立家业。’说完就去世了。现在大业即将告成，而母亲却看不到了，她的话还在耳边，我心痛得无法忍受。”于是悲伤地哽咽哭泣，群臣没有不感动悲伤的。
浙江行省平章李文忠上奏说：“浙江嘉兴、海盐、海宁等地的沿海州县，都是边境要地，应当设置军队镇守。”朱元璋命令李文忠调兵驻守。
壬申日，又把宣州府改为宁国府。把江阴州改为县，隶属于常州府。
命令江西行省挑选两千名精兵充当宫廷的警卫。
潭州卫派兵攻打易华的余党所占据的山寨，攻克了山寨，伪元帅伍德明等人投降。
这个月，应天府句容县的年老民众施仁等人进献祥瑞的麦子（一茎两穗）。
朱元璋下令晓谕百姓说：“自从我渡江以来，已经有十三年了，境内有很多人向我献上瑞麦。丙申年（4053年），太平府当涂县的麦子生长时，一根麦茎上长出两个麦穗。丁酉年（4054年），应天府上元县有一株麦子长出了一根茎三个穗。宁国府宁国县的麦子一根茎上长了两个麦穗。如今句容县又进献一根茎上长着两个穗的麦子，大概是因为民众勤劳于农事，感应到上天的和顺之气，才导致出现这样的情况。你们百姓还是要尽力于田间劳作，来侍奉父母，养育妻子儿女，永远做太平盛世的百姓，共同享受丰年的欢乐。”
起居注詹同进言说：“往昔在周朝的时候，出现过一颗谷穗上长出两颗谷粒的现象；汉朝张堪担任渔阳太守时，出现了一颗麦上长出两个麦穗的现象。如今皇上平定乱世而使天下恢复正常，功劳德行非常大啊。即使在战争时期，也发展农业生产，所以这些百姓能够摆脱战乱，在田地里尽力劳作。上天降下祥瑞的麦子，这绝非偶然啊。” 朱元璋说：“天意不可捉摸，人事则应当尽力而为，治理国家的人，怎么能倚仗天意而自我懈怠呢？”
五月丙子日（初一），徐达围攻姑苏的时候，朱元璋起初不想劳师动众，只是想围困他，让他屈服。到这时又很久没有攻下，就写信给张士诚说：‘成汤流放夏桀，武王讨伐商纣，汉高祖消灭秦朝，历代皇帝的兴起，军队互相攻打，是常见的事。当王莽政权灭亡、隋朝丧失国家政权的时候，豪杰们趁机像群蜂飞舞一样纷纷而起，图谋帝王的事业，占据土地，等到天下安定，必定会统一于一人。上天的旨意所在之处，怎么能容忍人们纷纷扰扰地违背它呢？即使有智者，也无法成就大业，也应当洗心革面，敬畏上天顺应百姓，来保全自身保全家族，像汉朝的窦融，宋朝的钱俶一样。自古以来都是这样，不是今天才有所不同。你如果能够归顺依附，那福气就会有很多，不要顽固地困守孤城，使你的士兵和百姓陷入危险，自己走向灭亡，被天下人耻笑。’张士诚没有回复。
丁丑日，慈利军民宣抚使覃厚派他的儿子覃仁、夏克武派他的儿子夏德胜以及他们的下属张琦、宁尚仁入朝，进贡了二十匹马和地方特产，朝廷派使者带着丝织品前去赏赐他们。
甲申日，各位将领进言说：“陈友定偷偷占据闽中地区，擅自作威作福，应该趁着有利的形势攻取他。如果拖延的时间长了，让他们有机会巩固自己的势力，那就很难对付他们了。”朱元璋说：‘我本来就知道这件事，然而（我们）正在致力于攻打姑苏，而且张氏投降的士兵刚刚归附，不可以轻举妄动。况且陈友定占据福建很久了，囤积了粮食，据守险要之地，以逸待劳，如果我军深入，主客形势不同，万一失利，就会进退两难。兵法贵于知己知彼，用力不分散，这是万全之策，我之前已经考虑清楚了，慢慢夺取，不晚。’”
己丑日，湖广行省派遣镇抚马国芳等人讨伐平江花杨山寨，攻克了它，抓获了敌军将领王世平等人以及一千九百多名士兵，缴获了三十九匹马，两万三千七百多石粮食。
己亥日，最初设置翰林院学士，为正三品官阶；侍讲学士，为正四品官阶；直学士为正五品官阶；修撰、典簿为正七品官阶，编修为正八品官阶。征召饶州知府陶安担任学士。
这个月，朱元璋因为长时间不下雨，每天减少膳食吃素食，对身边的臣子吴去疾说：‘我因为天旱，所以率领宫中的人都吃素食，让他们知道百姓生活的艰难。过去宫中所需要的蔬菜、醋和酱等，都是由太官供应，现在都让内官来做这些事，是担心这样会烦扰百姓。’吴去疾磕头说：“主上这样一心爱护百姓，如今虽然遭遇旱灾，但是上天眷顾喜爱（主上），必定会有甘霖的回应。”
免除徐州、宿州、濠州、泗州、襄阳、安陆等郡三年的税粮。下达命令说：‘尧、舜、禹治理天下的时候，君臣都有圣明的德行，把天下当作自己的家（一样治理）。凡是民众有了困难，君主和臣子就会共同担忧，甚至比民众自身还要担忧。因此天下太平和睦，灾害也不再发生。后来有的君主圣明，臣子贤能，天下也太平了，但也不如古代。自汉朝、唐朝以后，君主难以把天下当作自己的家（意为难以真正心系天下），那些臣子就把百姓当作百姓（而非亲人般对待），把自己的家当作自己的家（只考虑自己小家的利益），于是就有了亲疏的分别。甚至奸诈邪恶之人当权执政，国家被颠覆灭亡，（人们）把这看作平常之事，灾祸频繁发生，百姓遭受苦难。作为君臣，如果不自己改正自己的过错，那么天下凭什么得到治理，富贵又怎能保住呢？我本来是个平民，因为天下大乱，所以率领众人渡江，安抚平定了江东，到现在已经十三年了，而中原的百姓流离失所，仍然没有归宿，我却在江东屯积粮食、训练军队，坐视百姓的苦难而不去拯救，这难道不是辜负了上帝爱护生灵的恩德，有愧于古代圣人爱护百姓的心意吗？现在特地命令中书省，凡是徐州、宿州、濠州、泗州、寿州、邳州、东海、安东、襄阳、安陆等地的郡县，以及今后新归附的土地和人民、桑麻谷粟税粮徭役，命令有关部门全部免除三年。’
大明太祖高皇帝实录卷之二十三
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